抗战期间，重庆市系国民政府的战时陪都，在重庆市设立一所华侨中学招收侨生和港澳学生很有必要。1941年5月，由教育部指派王德玺、翟俊千和马灿汉三人为筹备委员，并指定马灿汉为主任委员。因马灿汉在香港未归，教育部又指定王德玺代理主任，1941年6月19日，王德玺与翟俊千赴重庆附近一带看勘察校址，选定的有三处：綦江湾滩子、綦江公园记忆江津县贾嗣区、五福场、小渔梁程家祠。前两个地址有军队驻扎，便选定程家祠为校址。程家祠是当地程姓家族大祠堂，正堂是供奉程族列祖的灵牌位，每日敲钟供香。祠堂前百尺，有清澈的綦江河，水路可通重庆，对岸有高耸入云的龙登山。程家祠走三公里是五福场乡，再走十公里到杜市，就有公路到重庆。程家祠环境优美安静，适合办学校。经教育界邹亚邻先生介绍王德玺与当地乡长程文鼎，族长程兴昌及当地头面人物何建三等商谈，大家都热心教育事业，遂允把程家祠连同大片土地无偿借给办学。而王德玺亦允占学生人数5%程族子弟经考试入学就读。1941年8月，学校正式成立，命名为“国立华侨中学第二校”。教育部任命王德玺为校长，并拨下开办费八万元，筹备工作抓得很紧，八月底制订出招生简章，九月中旬开始招生。招生简章规定：“凡报考学生，须有侨居地方之公使馆、领事馆、党部、商会、教育会等任何一机关之证明，方能考虑。”“凡报考新生，需呈验海外华侨学校或侨居地外人所办学校学业证明文件，或当地公使馆、领事馆、教育会之证明。证明其相当于该校高、初中各级之程度，一年级新生考试成绩如初中有一科、高中有两科不及格但总平均成绩尚优者，得由本校编入补习班一年，经考试及格后。再编入正式班级。”建校初，由于侨生和港澳学生不知有此校，三个月只有41名高、初中学生。学校即编班，在1941年11月11日正式开始上课。学校决定11月11日为校庆日，每年都热烈庆祝校庆。学校开办初期，人数不多，高、初中都在程家祠上课，食宿。老师多住在桂花庭，桂花庭在程家祠正门左傍山丘上走百尺的房子（是陈族的祠堂）。

1942年3月底，接教育部侨字第7128号训令，正式改名为“国立第二华侨中学”，当时的主要任务是招收侨生。学校奉教育部及侨委会之令，派员赴广西、贵州等地招收在桂林中学和私立汉民中学的侨生以及贵阳清华中学的侨生。3月12日，学校派简锡章、张念祖携带招生办法及运输计划前往黔桂办理此事。当时在桂林、贵阳的侨生约300余人，学校在当地设考场进行初试、口试和审查证件，计在桂林招收224人、在贵阳招收18人。1942年5月，学校又派人赴广东招收港澳和缅甸退出来的学生约100多人。1943年春，学生人数达430多人，除少数战区生和当地学生外，其余360多人均是来自泰国、缅甸、马来西亚、新加坡、越南、菲律宾、美国、加拿大、秘鲁、日本的归国侨生和港澳学生。

学生不断增加，比开始时增加到7倍，程家祠已容纳不了。学校便同五福场旁的洋房子业主钟文孚、钟循则兄弟洽商，钟兄弟答允借出洋房子办学（因这房屋是外形独特美观，属两层砖木结构，故乡人称之为“洋房子”）。洋房子距离程家祠约三公里，与五福场一溪之隔，学校规定学生在假日才准去五福场墟镇。侨二中初中部设在洋房子里，洋房子前面一百米就是清澈的綦江河。人多桌凳不够用，学校动员全体初中部的学生过江上龙登山砍竹木，雇乡人做桌凳。竹凳很奇特，用火烤弯两支竹做凳脚，上边夹着一条横竹，形状似板凳，称为竹扛凳。开始有些学生争着坐，但坐的时间一长，全身重量压在一条竹扛上很痛的。

后来，学校已有400多学生，分设高、初中部，学校教职员65人，其中教员29人，行政方面设有校长王德玺、教务主任汪太仪、训育主任方家珍、总务主任简锡璋、会计主任、军事教官、校医等。学校新办，设备十分简陋，无生物标本，理化教具仅二百来件。所以，教师示范和学生实习很少，也很困难。图书有888册，多属文史类。当年的侨务委员会委员长陈树人为侨二中校歌写了歌词，程家祠校本部大门两侧的墙上写着：“发扬华侨爱国精神，培养华侨建国青年。”

学校成立不久，太平洋战争爆发后，继而南洋各国及港澳沦陷，绝大部分学生的经济来源断绝，生活十分困难，除少数本地学生外，其余学生的学费、书杂费、伙食费均是公费。政府拨下来的伙食费经过克扣，所剩更少了。伙食很差，学生几经向校长请愿，学校才同意各班推选出来的代表组成膳食委员会管理学生伙食，每日派值日学生带校工去墟场买菜和监厨，伙食有些改善，每日一粥两饭，早餐白粥多是胡豆做餸,两顿饭亦是多用胡豆、南瓜作餸。几百学生的餸，只用菜油约一斤煮熟，每天都没有饭粥剩，因缺油肉，肚子很快就饿。患病学生不能吃饭就喝米汤。每月伙食结帐，多有些剩余膳费，就“打牙祭”（加菜）一次。学校附近小坡有“老更”等面店，但顾客不多。衣服破了自己缝补。政府曾对贫困侨生、港澳学生救济一套厚布衣料，大家叫它为“罗斯福”布。鞋破烂了就买草鞋穿，或者自己编织草鞋，亦有个别学生赤脚上课的。书本和练习本都是用劣质土草纸印的，两人同用一本书，劣纸很难用钢笔写，就用毛笔写英文……。

1944年9月，教育部派国民党中央监察委员李次温继任侨二中校长。同月，教育部决定侨一中停办，将其高中部251人和教职员子女20人并人侨二中。李次温派教导主任黄颖臧办理接纳手续，侨一中的教员由侨二中和贵州国立十四中尽量聘任，以示体恤。当时，学生增至600余人。

尽管学习条件很差，生活条件又十分艰苦，但是师生的精神很愤发，爱国心很强。学生学习很刻苦，天刚亮，附近的满山遍野都可以听到学生琅琅读书声，早读完才吃早餐上课。每天晚上，没有教师在场，学生自觉地在课室、饭厅、天井，数人一桌围着桐油灯，静静地做功课，互相切磋，功课好的就辅导不大懂的同学，共同进步。毕业班要参加教育部门同意考试，大家明确读好书参加祖国建设和继承侨居国的父业，所以很用功，在国内，侨中学生读大学的比例很大，学生都有共同的命运，彼此相依为命，有些学生的衣物或共用，或支助困难的同学。口袋有钱，大家共用，用完就算了。对有病的同学，送米汤喂药，嘘寒问暖，对溺水或危险的同学就拼命相救，在同甘共苦的生活中凝结起来的深厚的情谊是万古长青的。

学校的文体生活很活跃，差不多班班都有球队、墙报，都可以演戏。高中部有大型的“海韵”歌咏队，而初中部亦有“綦江合唱团”，弟妹竟敢与兄姐们比高低。每逢校庆等节日，都进行游泳比赛、球赛，连续几夜的戏剧会演。学校的篮球队和游泳队在附近的几个县是所向无敌的。附近的中学只有篮球队，而侨二中却有足球、棒球、拳击、健力社。我们不但在学校演剧，亦到綦江县劳军演出话剧。

1943年，学校要求学生深刻认识祖国是地大物博，加强爱国意志，校长王德玺组织师生徒步60多公里到重庆参观全国资源展览会，大家兴高采烈，一路有说有笑，不知疲劳，队伍拉得很长（有少数同学偷偷爬上汽车到重庆）。按计划是两天到重庆，傍晚大家到齐了，每人分一纸袋包点，几年没有吃过点心了，大家吃得很开心。展览会是全国性的，但规模不算大型，当看到一些矿物模型和提炼好的飞机、汽车燃料油，有学生说：“希望将来不用坐木炭车。”吴铁城、陈立夫、张道藩来看望师生，吴铁城还讲了话：“大家要努力读书，将来为国家出力，再过两三年抗战就胜利了，大家回到南洋，要对家长讲，祖国抗战十分困难，还设法供侨生读书，大家侨胞爱国，国家就富强了。”

1944年，在李次温担任校长期间，有个训育员私自取了一个学生的汇款单，激起许多同学的义愤，有几个学生打了他，后来，曹文崇老师出面调解，他便离开学校，而打他的几个学生亦离开学校。

有些班级较高较成熟的少数学生，投笔从戎，参加新四军打击日寇，在1944年冬天，少数日寇骑兵入侵贵州省独山，学校有点骚动，传出消息，叫大家无事不要离开学校，因为学校随时都会西迁逃难。当时，许多学生热血沸腾，有一部分学生参加知识青年军，亦有参加远征军，大家要打击日寇和法西斯强盗，抗战胜利后，绝大部分参军的学生复员回校复学，或升学或回侨居国。

1945年8月，日本帝国主义无条件投降，中国抗战胜利了，全世界反法西斯战争胜利了，久经战火而颠沛流利，历尽艰苦的侨二中师生和全国人民一样欢喜若狂，因为归家有期。学生步行到重庆参加庆祝抗日胜利大游行。不久，许多学生与佳丽取得联系，逐步取得经济接济，生活获得很大的改善。与此同时，教育部和侨委会接华侨来信，说归侨学生回国后入学读书难，指出侨二中校址偏僻，交通困难，不便归国侨生前往报考。另外，华侨界知名人事陈国楚先生亦多次提议将侨二中迁往福建厦门，教育部和侨委会也曾有过此议，几经统筹，于1946年初作出决定，将侨二中迁往海南岛海口市。1946年6月12日，教育部副部长朱家骅复函陈过楚先生说：“国立侨校之迁设，已于统筹调整，国立第一侨民师范留闽，第二侨师留粤，第三侨中迁广西龙州。海南岛地位重要，紧连南洋，对侨胞子弟入学尤为便利，故将第二侨中迁往该地，以求均衡发展……。”

1945年9月，卢宗敏接任侨二中校长，根据教育部决定，侨二中于1946年初就着手迁校的筹备工作，总领队为校长卢宗敏。根据教育部要求下学期要在9月如期开学的训示，校务会议决定，该学期的课程通过增加课时与4月下旬全部授完。4月初，学校与西南公路局谈妥，5月1日至20日，全校师生乘车抵达广西省梧州，改乘内河船到广州。9月11日，大部分师生乘招商局大轮船去海口，途中遇台风，几百师生险些葬身鱼腹，船被迫返香港备航。翌日，大家仍乘原船胜利到达海口，完成迁校任务。